木瓜对于缓解消化不良引起的便秘有一定效果。其主要理论依据是，木瓜含有一种蛋白质分解酵素，即木瓜酵素，它是维持机体正常功能的一种必需物质，可促进食物的消化、吸收，能修复组织等。
此外，木瓜酵素还有助于分解蛋白质、糖类及脂肪这三大营养素，尤其对于清宿便、排肠毒和分解腰腹部脂肪效果显著。

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